Został wybrany podczas 389. Zebrania Plenarnego Konferencji Episkopatu Polski. Zastąpił w tej funkcji metropolitę katowickiego abp. Wiktora Skworca.

Komisja Duszpasterstwa Konferencji Episkopatu Polski - jak czytamy na stronach KEP - jest jedną z 11 komisji, które obok Rady Stałej oraz rad koordynujących główne dziedziny życia i działalności Kościoła należą do jej stałych instytucji kolegialnych. Głównym zadaniem komisji jest opracowanie Programu Duszpasterskiego dla Kościoła w Polsce oraz koordynowanie działań duszpasterskich. Przygotowywany Program Duszpasterski zakłada najogólniejsze cele, wynikające z posłannictwa ewangelizacyjnego. Opiera się na analizie aktualnej sytuacji duszpasterskiej w kraju oraz na określeniu potrzeb i priorytetów działalności duszpasterskiej, a także na zasadniczych treściach czerpanych ze znaczniejszych zdarzeń religijnych, tak ogólnokościelnych, jak i krajowych.

- Biskupi zapoznali się z dokumentem studyjnym, przygotowanym przez Komisję Duszpasterstwa, zatytułowanym "Wyzwania duszpasterskie dla Kościoła w Polsce w czasie i po pandemii". "W czasie", czyli analiza tego, co nas spotkało, jak sobie z tym radzimy, i "po pandemii", czyli spojrzenie w przód. W tej pierwszej części wymiany myśli biskupi podkreślali, że jest to trudne dla nas wyzwanie, jak i dla całego społeczeństwa na różnych poziomach. I trudno się dziwić, przecież nasze duszpasterstwo, nasze posługiwanie wiernemu ludowi i wchodzenie w relacje ze światem dokonuje się w "byciu z", co jest w wielu momentach teraz utrudnione - powiedział bp Czaja podczas konferencji prasowej po zakończeniu obrad.

- Pandemia ma też pewne walory, gdyż pomogła nam zdiagnozować nasze dotychczasowe działania duszpasterskie i pomogła odkryć deficyt niektórych naszych posług. Mam na myśli zwłaszcza przeakcentowanie troski o wiarę przedmiotową, byśmy wiedzieli, w co wierzymy, a niedomaganie w zakresie wiązania człowieka z Osobą, z Jezusem - wiary podmiotowej - wskazał biskup opolski.

- W drugiej części dyskusji zdiagnozowaliśmy wiele wyzwań, które przed nami stoją. Światłem dla refleksji były słowa papieża Franciszka, który mówi, że nie ma prostego powrotu do tego, co było przed pandemią i wiele rzeczy trzeba będzie rozpocząć na nowo - powiedział.

- Mogliśmy zobaczyć trudne doświadczenie pandemii jako szansę dla duszpasterstwa i Kościoła. By tę szansę wykorzystać, nie możemy ulec pewnej pokusie, która przydarzyła się dwóm uczniom uciekającym do Emaus. Byłoby niedobrze, gdybyśmy ulegli pokusie szukania drogi na przyszłość tylko w tym, co już kiedyś robiliśmy i uznali to za jedynie słuszne. Trzeba wrócić do Jerozolimy, trzeba być w Jerozolimie. Jerozolima jest źródłem - mówił biskup opolski.

Biskupi wskazali na 4 źródła: prawda objawiona, stawianie Jezusa w centrum życia i duszpasterstwa, zdrowa rodzina oraz tożsamość katolicka, czyli tożsamość otwarta na świat, który jest nam zadany.

Biskup opolski został też wybrany na drugą kadencję do Rady Stałej KEP.